Ето една основна разлика между самкхя и съвременната наука.
Самкхя твърди, че инволюцията е от интелекта към грубата материя. (субект, мислеща субстанция .... груба материя) Т.е. сътворението протича в този ред. Като резултат твърдението, че можем да имаме разум без съответния материален носител. Това се базира на наблюдението, че ние можем да мислим и да си представяме макар да не чувстваме тяло или да сме изключили сетивата си. Затова и позицията на самкхя-йога че би могло да има освобождение (по начина по-който го дефинира, да не навлизам в подробности)
Съвременната наука, постулира точно обратното развитие. Първо имаме груба материя, която се организира във все по сложни структури, след което имаме способности за перцепция, евентуално мислене и накрая рефлексия и себе рефлексия. Затова въпроса на науката сега е да изясни как точно мозъка поражда ум. Съдителната и (само)рефлексията като способност не се нещо съществуващо преди, а след. Проблема е, как да стабилизираме за по-дълго тази крехка структура. (ако се съмнявате, че е крехка - помислете, как ви се мени преценката в зависимост от кръвната захар и дори факта, че всеки ден за няколко часа трябва да минете в "непълноценен режим" само и само да направите възможно по нататъшното си съзнателно функциониране.
Да се отбележи все пак: и за двете дисциплини интелекта си е материален

Науката тръгва" отдолу -нагоре", а Самкхня "отгоре-надолу"
Ако оставиш двете да вървят един срещу друг,то те ще се срещнат в една пресечна точка:интелект/будхи